Les risques sont très faibles et comparables à ceux liés à une prise de sang classique. Certains enfants peuvent éprouver une légère gêne pendant un court instant. Il existe également un risque de stress émotionnel et d’anxiété chez les personnes présentant un risque accru de diabète de type 1. Parmi les autres risques, on peut citer les faux positifs et les faux négatifs, car le dépistage n’est jamais définitif. Toutefois, les résultats positifs feront l’objet d’un test de confirmation, et cette méthode de dépistage a été rigoureusement testée.