Quel est l'objet de ce projet ?
Dans ce projet, nous cherchons à améliorer le dépistage du diabète de type 1 (DT1) au Canada en recueillant des données génétiques (informations sur nos gènes) auprès de personnes d'origines différentes. Nous voulons trouver la meilleure façon d'utiliser les scores de risque génétique (un nombre qui indique la probabilité qu'une personne développe un problème de santé) pour prédire le DT1 chez les personnes vivant au Canada, quel que soit leur milieu d'origine. Cela aidera les médecins à dépister le DT1 de manière plus équitable et plus précise pour tout le monde.
Pourquoi est-ce important ?
À l'heure actuelle, les outils utilisés pour prédire le DT1 fonctionnent bien pour les personnes d'origine européenne, mais pas aussi bien pour les personnes d'autres origines. La raison en est que nos gènes peuvent être très différents et que les tests actuels ne fonctionnent pas toujours de la même manière pour tout le monde. Ce projet nous aidera à créer des tests plus utiles pour les personnes originaires d'Asie du Sud, d'Asie de l'Est, d'Afrique et d'autres origines vivant au Canada.
Le problème des scores de risque génétique actuels
Les scores de risque génétique actuels (comme le SRG2) ont été élaborés à partir d'informations provenant principalement d'Européens blancs. Ces scores ne sont pas aussi précis pour les personnes d'autres origines pour les raisons suivantes :
- Les personnes d'origines différentes ont des gènes différents.
- Certaines variations génétiques n'apparaissent que dans certaines populations. Cela signifie que certaines modifications de l'ADN se retrouvent plus souvent dans des groupes de personnes spécifiques.
- Les facteurs de risque du DT1 peuvent être différents pour des personnes d'origines différentes et vivant dans des endroits différents. Cela signifie que les conditions qui peuvent rendre une personne plus susceptible de souffrir d'un DT1 varient en fonction de ses antécédents familiaux, de ses gènes ou de son environnement.
Dans des études passées, un score génétique établi à partir de données européennes s'est révélé efficace pour les personnes aux origines européennes et hispaniques, mais pas pour les personnes d'origine afro-américaine ou asiatique. Nous devons donc élaborer de meilleurs scores qui conviennent à tout le monde.
Qu'essayons-nous de faire ?
- Créer une collection de données génétiques provenant de personnes d'origines diverses atteintes d'un DT1 au Canada.
- Tester le score de risque génétique actuel (SRG2) et en essayer un nouveau, plus inclusif, qui utilise des données provenant de différentes populations pour voir lequel fonctionne le mieux pour les personnes d'origine sud-asiatique, est-asiatique, africaine et d'autres origines non-européennes vivant au Canada.
Comment allons-nous y parvenir ?
Nous combinons les données génétiques de personnes d'origines différentes et utilisons de nouvelles méthodes pour créer un meilleur score de risque génétique. Cela nous aidera à comprendre comment les différents gènes affectent les personnes atteintes de DT1 d'origines différentes.
Dans le cadre de ce projet, nous allons :
- Créer une base de données génétiques pour les personnes d'origines différentes atteintes de DT1 au Canada. Il s'agit de recueillir et d'organiser les informations génétiques des personnes atteintes de DT1 au Canada. Cela aidera les chercheurs à mieux comprendre comment la maladie affecte les différents groupes et à améliorer les tests pour tous.
- Tester le score de risque génétique actuel (SRG2) et le nouveau score génétique combiné pour voir lequel fonctionne le mieux.
Méthodes utilisées dans ce projet
Participants :
Nous utiliserons des informations provenant de personnes atteintes de DT1 au Canada et les comparerons à des personnes en santé (appelées « témoins ») ayant des antécédents similaires. Les témoins en santé proviennent de l'étude « Spit for Science » à l'Hôpital pour enfants malades (« SickKids »), dirigée par la Dre Jennifer Crosbie.
Nous recueillerons également des données provenant de plusieurs autres études :
- La biobanque de l'Hôpital pour enfants de Montréal (Dre Angeliki Makri).
- La biobanque de l'Hôpital pour enfants de la Colombie-Britannique (Dre Constandina Panagiotopoulos).
- L'étude EVERYONE (Dr Andrew Paterson).
- Le registre BETTER et la biobanque CREATE-1 (Dr Rémi Rabasa-Lhoret).
Nous recueillerons également de nouveaux échantillons d'ADN de personnes vivant avec un DT1 à Montréal (Dre Despoina Manousaki), Edmonton (Dre Elizabeth Rosolowsky) et Calgary (Dre Carol Huang).
Calcul du SRG :
Nous prendrons des échantillons d'ADN provenant du sang, de la salive ou de taches de sang séché. Ces échantillons seront testés au Génome Québec. Nous utiliserons un outil spécial appelé « Illumina Global Screening Array » pour examiner l'information génétique. Après avoir vérifié la qualité des données, nous compléterons les informations manquantes en utilisant le panneau de référence « NHLBI TOPMed », qui comprend des données provenant de différentes populations.
Pour calculer le SRG, nous allons :
- Examiner certaines parties de l'ADN qui sont liées au DT1.
- Multiplier le nombre de fois où ces gènes de risque apparaissent par leur effet sur la maladie.
- Additionner les résultats pour obtenir un score unique pour chaque personne.
Nous ajusterons ensuite le score en fonction d'autres facteurs comme le sexe, l'âge et l'ascendance (les antécédents familiaux). L'objectif est de voir si ce score peut aider à prédire si une personne développera un DT1. Nous évaluerons l'efficacité du score en utilisant des mesures de performance comme le « R² de Nagelkerke »et « AUROC » (comment le score peut distinguer les personnes atteintes de DT1 de celles qui n'en sont pas atteintes).
Plans futurs :
Le nouveau score de risque génétique combiné (utilisant des données provenant de différentes origines) pourrait être plus précis pour les personnes d'origines non européennes que le SRG2 actuel. Si le nouveau score combiné fonctionne bien, nous l'utiliserons dans un programme de dépistage pilote. S'il ne fonctionne pas aussi bien, nous continuerons d'utiliser le SRG2.
Pourquoi est-ce important pour le Canada ?
Le Canada est un pays très diversifié avec des origines génétiques variées. Actuellement, les outils utilisés pour le dépistage du DT1 ne fonctionnent pas aussi bien pour les personnes d'origines non européennes. Ce projet vise à s'assurer que toutes les personnes vivant au Canada, quel que soit leur origine, puissent avoir accès à un dépistage précis et équitable du DT1.